O pai de Hyakkimaru é um guerreiro ambicioso que concede a quarenta e oito demônios as quarenta e oito partes do corpo de seu filho recém-nascido em troca de ser concedido o domínio do Japão. Hyakkimaru é abandonado ao seu destino por ordem de seu pai, depois disso ele é resgatado por um médico que consegue reconstruí-lo com próteses de madeira. Quando ele cresce, Hyakkimaru decide recuperar suas quarenta e oito partes perdidas, derrotando cada um dos demônios com os quais seu pai concordou. Em sua busca, Dororo se junta a ele, um pequeno ladrão órfão.
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